Antes de ser criada a UNEB, havia a Superintendência do Ensino Superior da Bahia - SESEB, que coordenava a administração de cursos superiores ministrados em Salvador e em alguns municípios do interior do Estado. Os professores das unidades da SESEB, cientes da necessidade de se organizarem, resolveram fundar uma entidade que pudesse congregá-los e ser a porta-voz das reivindicações da categoria junto ao Governo do Estado.
Em 17 de dezembro de 1981, ocorreu a assembleia geral de fundação e aprovação do Estatuto da Associação dos Docentes da SESEB - ADOS, embrião do sindicato que existe hoje. Estiveram presentes, naquela ocasião, vinte e dois professores (doze da Unidade de Alagoinhas, seis da de Jacobina e quatro do extinto CETEBA de Salvador).
A Lei Delegada 66/83 de primeiro de junho de 1983 criou a Universidade do Estado da Bahia, multicampi, reunindo não só os cursos vinculados ao CETEBA, ministrados em Salvador e em outros municípios, mas também algumas faculdades já consolidadas no interior, a exemplo da Faculdade de Agronomia de Juazeiro e da Faculdade de Formação de Professores de Alagoinhas. A UNEB, em pouco tempo, espalhou-se por todas as regiões do Estado e junto com ela foi também a nova organização dos docentes que sucedeu a ADOS. Com efeito, com o surgimento da UNEB, surgiu também uma nova entidade, a ADUNEB.
A história da ADUNEB está relacionada à da ANDES - Associação dos Docentes do Ensino Superior, criada, em 19 de fevereiro de 1981, com o objetivo de reunir, em âmbito nacional, os professores do ensino superior. A ADUNEB filiou-se à ANDES em 1986 passando a participar dos congressos e eventos promovidos por essa entidade, espaços, nos quais, se discutem os grandes temas nacionais, principalmente, aqueles pertinentes à educação brasileira, às Instituições de Ensino Superior e à carreira docente.
Em 26 de novembro de 1988, a ANDES transformou-se em Sindicato Nacional, o que constitui um fato marcante para o movimento docente nacional. Para adequar-se a essa nova situação, a ADUNEB, em 1991, teve seu Estatuto transformado em Regimento, aprovado no X Congresso Nacional da ANDES, passando a ser Seção Sindical do ANDES - Sindicato Nacional. O Regimento instituiu ainda uma nova organização administrativa para a ADUNEB, criando a Diretoria Colegiada.
A história de luta da ADUNEB é pautada pelo empenho na construção de um pólo de luta autônomo, classista e combativo e que caminhe no sentido da unidade entre trabalhadores do campo e da cidade, do setor público e do privado, bem como de formalizados e precarizados.
A ADUNEB completou 40 anos de existência em dezembro de 2021 e, como todo movimento sindical brasileiro, conheceu períodos de maior ou menor mobilização, oscilando, conforme as demandas da própria categoria, mas sempre teve uma posição de luta por uma Universidade Pública, democrática, gratuita e de qualidade, sem contudo abandonar a defesa de melhores salários e condições de trabalho, bem como de uma política de qualificação para os docentes, sem o que a qualidade do ensino superior esteja comprometida.